Ο Αρχιεπίσκοπος Ιάκωβος στο πλαίσιο της επιστολογραφίας του και έχοντας πάντοτε προσωπικό ενδιαφέρον για τα εθνικά θέματα, τα ανθρώπινα δικαιώματα, την ελευθερία και τη δικαιοσύνη ασχολήθηκε και με το Κυπριακό Ζήτημα. Αξιοσημείωτη είναι η παρέμβασή του διά τηλεγραφήματος προς τον Πάπα Παύλο τον ΣΤ΄, από 14 Αυγούστου 1974, όπου καταγγέλλει την τουρκική εισβολή στην Κύπρο. Όπως αναφέρει: «Προς την Αυτού Αγιότητα τον Πάπα Παύλο Πόλη του Βατικανού, Ρώμη.» Η αδικαιολόγητη, παράνομη, ανεπίτρεπτη εισβολή της Τουρκίας στην Κύπρο και η απόπειρα κατοχής και υποδούλωσης του νησιού και των κατοίκων του δε θα έπρεπε να αφήσει τις καρδιές ασυγκίνητες, τις συνειδήσεις καθαρές, τα μυαλά ήσυχα και τις ψυχές αδιάφορες.